ディレクトリとは、本来はハードディスクなどの記憶装置にファイルを分類、整理、保管するための、階層構造(ツリー構造)を持ったアドレスのこと。

これをWeb上に敷衍したのがWebディレクトリで、Yahooなどの階層構造型の検索サイトを指します。